Sementara Jonathan Hawk, pengganti Desmon Miles, membuka kedok para pengkhianat yang menyusup ke selnya, leluhurnya El Cakr melancarkan serangan yang sengit pada para kesatria Templar demi kepemilikan Tongkat Isis. Di suatu wilayah di Mesir yang dikacaukan oleh pembunuh Sultan Muhammad An Nâsir, tongkat sang dewi berperan sebagai benda yang penting dalam memberi kekuasaan yang besar pada yang memilikinya.